تختص الأمانة بالدور التخطيطي والمساند لجميع الأمانات بالمجلس، وتعمل في عدة محاور محور التخطيط، محور الدراسات والبحوث، محور التقارير الدولية، الاقليمية والوطنية . المهام والاختصاصات :
- – الإشراف علي إعداد الخطط الاستراتيجية والسنوية للمجلس، وفقاً لخطط وإستراتيجيات الدولة.
- – متابعة إعداد الخطة التنفيذية والإطار الزمني لتنفيذ الخطة.
- – متابعة تنفيذ الخطط وإعداد تقارير الأداء ( شهرية، ربع سنوية، نصف سنوية والسنوية).
- – اعداد الدراسات والبحوث ذات الصله بقضايا الطفولة.
- – إعداد التقارير الدورية حول المواثيق والإتفاقيات الدولية والإقليمية التي وقع وصادق عليها السودان.
- – إعداد التقارير الوطنية حول أوضاع الأطفال في السودان.