الامانة العامة : تُنشأ الأمانة العامة للمجلس برئاسة الأمين العام وتمثيل الجهاز التنفيذي والإداري للمجلس. تتكون الامانة العامة من عدد من الأمانات والعاملين وفقاً للهيكل التنظيمي والوظيفي المجاز. السلطات والاختصاصات :
  إقتراح الخطط والبرامج القومية لرعاية الطفولة
 التنسيق بين خطط الجهات الحكومية وغير الحكومية العاملة في مجال الطفولة.
  المساهمة في تطوير الخدمات المقدمة للأطفال.
  تعبئة المشاركة الشعبية ومساندة دعم المشاريع المشتركة بين الجهود الحكومية وغيرها في مجال الطفولة.
  عقد مؤتمرات دورية لشؤون الطفولة وعقد اللقاءات العلمية وإجراء الدراسات والبحوث والنشر والتدريب في هذا المجال.
  الإحتفال بالمناسبات الوطنية والإقليمية والدولية الخاصة بالطفولة.
  إصدار تقرير سنوي عن وضع الطفل السوداني.